A primeira coisa a determinar seria a quantidade de backups que você deseja guardar. Neste exemplo, irei armazenar 10 cópias.
Vamos criar um arquivo. "apagar_antigos" por exemplo.
# vim /root/scripts/apagar_antigos
Basta acrescentar a seguinte linha:
find /backup -ctime +10 -exec rm -rf {} \;
E só. Esta linha fará uma busca no diretório /backup e apagará os arquivos modificados a mais de 10 dias.
OBS: /backup é onde armazeno meus backups, adapte a linha de comando para a sua necessidade.
Você pode incrementar um pouco este arquivo. Fica a sua escolha. = )
Lembre que este arquivo deve ser "executável":
# chmod +x /root/scripts/apagar_antigos
Depois basta inserir uma entrada na cron para automatizar o processo. Por exemplo:
# crontab -e
E inserir a seguinte linha:
00 01 * * * /root/scripts/apagar_antigos
Agora para reiniciar o crond:
# service crond restart